สำนักนวัตกรรมการเรียนรู้ เป็นส่วนงานในกำกับของมหาวิทยาลัยที่มีฐานะเทียบเท่าคณะ ได้รับอนุมัติให้จัดตั้งขึ้นตามมติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ ครั้งที่ 12/2553 เมื่อ วันที่ 3 ธันวาคม พ.ศ. 2553 จากการรวมกัน 2 หน่วยงาน คือ ศูนย์บริหารจัดการวิชาศึกษาทั่วไป และศูนย์นวัตกรรมการเรียนรู้ตลอดชีวิต
แนวคิดในการจัดตั้งสำนักนวัตกรรมการเรียนรู้ เริ่มต้นเมื่อ พ.ศ. 2550 โดยกรรมการบริหารมหาวิทยาลัยต้องการปรับหลักสูตรการเรียนการสอนวิชาศึกษาทั่วไปให้ตรงกับปรัชญาของวิชาศึกษาทั่วไปอย่างแท้จริง จึงจัดตั้งศูนย์บริหารจัดการวิชาศึกษาทั่วไป โดยเริ่มต้นที่บ้านของ ศ.ดร.สาโรช บัวศรี อดีตอธิการบดีมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ ในปี พ.ศ.2551 และได้รับงบประมาณในการปรับปรุงอาคารเรียนรวม (Learning Tower) ชื่อเต็ม: อาคารเรียนรวม หลวงสวัสดิศาสตรพุทธิ (Learning Tower) เพื่อใช้เป็นศูนย์บริหารจัดการวิชาศึกษาทั่วไป โดยเริ่มเปิดใช้ในปี พ.ศ.2555 - จนถึงปัจจุบัน และได้เปลี่ยนชื่อจากศูนย์บริหารจัดการวิชาศึกษาทั่วไป เป็นสำนักนวัตกรรมการเรียนรู้ ซึ่งก่อตั้งอย่างเป็นทางการเมื่อ วันที่ 3 ธันวาคม พ.ศ. 2553